La APJ está afiliada a las siguientes instituciones:
Instituciones académicas, bibliotecas, museos
- Biblioteca Elena Kohatsu - Centro Cultural Peruano Japonés
Dirección: Av. Gregorio Escobedo 803, piso 8 - Res. San Felipe, Jesús María, Lima 11 - Perú
Tel: (51 -1) 463 0606, 463 0607, anexo 515
E-mail: biblioteca@apj.org.pe
- Museo de la Inmigración Japonesa al Perú “Carlos Chiyoteru Hiraoka” - Centro Cultural Peruano Japonés
Dirección: Av. Gregorio Escobedo 803, piso 2 - Res. San Felipe, Jesús María, Lima 11 - Perú
Tel: (51 -1) 463 0606, 463 0607, anexo 545
E-mail: muse@apj.org.pe, musinjap@apj.org.pe
- Centro de Estudios Orientales PUCP
Dirección: Pontificia Universidad Católica del Perú, Av. Universitaria N° 1801, San Miguel - Centro de Estudios Orientales. 2do. piso del Dpto. de Humanidades
Tel: (51 - 1) 626-2000
E-mail: ceo@pucp.edu.pe
Web: http://www.pucp.edu.pe/ceo/