Políticas discriminatorias
Mientras duró el gobierno de Leguía, la inmigración japonesa fue protegida, pero al término de su gobierno la colonia japonesa sufrió la discriminación y el acoso de buena parte de la población, así como del mismo gobierno peruano.
En 1936 se puso en práctica una ley, promulgada en 1932, que obligaba a todo comercio extranjero a emplear a un 80% de personal nativo. La mayoría de negocios japoneses eran básicamente familiares o empleaban a compatriotas y a raíz de esta medida se vieron directamente afectados.
Otra ley prohibía el traspaso de los negocios a extranjeros. Los inmigrantes, pensando en su retorno al Japón, no inscribieron a sus hijos en los registros nacionales o lo hicieron en el consulado japonés, y en esas circunstancias no podían ceder los negocios a sus hijos.
Ante esta situación, aproximadamente 2500 nisei (hijos de los inmigrantes japoneses, nacidos en el Perú) se inscribieron por la vía judicial en 1937, publicando la relación de los mismos en dos páginas del diario "La Prensa", causando sospechas entre las autoridades peruanas. Una nueva ley, la 8526, fue emitida por el gobierno el 20 de abril de 1937 suspendiendo la inscripción de los hijos de los extranjeros nacidos antes del 26 de junio de 1936.
Por la misma ley se limitaba el número de extranjeros residentes en el país, teniendo como cantidad máxima 16,000 personas por nación; y si se superaba este número no se permitía el ingreso de más personas. Pero de todas las colonias extranjeras en el Perú, la única que superaba esa cifra era la japonesa, por lo que esa medida estaba dirigida a ella.
Los saqueos de 1940
Desde los comienzos de la inmigración japonesa, un sector tanto de la población no miraba con simpatía, primero la presencia, y luego el ascenso sostenido de los japoneses. A esto se sumaba el hecho de que los japoneses constituían un grupo cerrado con asociaciones, colegio y medios de prensa exclusivos, lo cual no hacía sino alimentar los sentimientos de rencor y desconfianza de cierto sector de la población.
Leguía, quien había sido el gestor y propulsor de la inmigración japonesa al Perú, fue derrocado en 1930, y a su caída siguieron una serie de actos vandálicos donde no solamente fueron saqueadas sus propiedades y las de sus allegados, sino que también fueron atacados 20 establecimientos comerciales de japoneses.
Este ataque fue minimizado por ciertos medios de prensa que continuamente publicaban artículos que exacerbaban el nacionalismo, y en donde criticaban el progreso de los japoneses, logrado, según ellos, en perjuicio de los peruanos.
En mayo de 1940, el editorial de un periódico decía que los japoneses estaban organizando un grupo de espionaje y sabotaje, llamado la "Quinta Columna", a esto se sumó el reparto de volantes, los cuales afirmaban que los japoneses tenían la intención de tomar el Perú mediante la fuerza y que tenían arsenales de armas escondidos en la costa y esperando la llegada de dos buques japoneses para apoderarse de Chimbote.
También se decía que los japoneses tomarían Palacio de Gobierno además de los principales puntos de la capital provocando una matanza.
Inmersos en este clima de manipulación, el 13 de mayo de 1940 un grupo de alumnos del Colegio Guadalupe encabezó una turba que recorrió las calles de Lima saqueando los comercios y casas de japoneses.
Ante estos sucesos, la policía reaccionó tardíamente, por lo que los manifestantes tuvieron tiempo para realizar toda clase de destrozos, robar y en algunos casos tratando de incendiar la propiedad saqueada.
Posteriormente, el gobierno peruano desmintió todas las informaciones que aseguraban la tenencia de armas por parte de los japoneses y sus intenciones de atentar contra la soberanía peruana.
Mientras tanto, las familias damnificadas se refugiaron en la Escuela Japonesa de Lima. Se reportó que 620 familias fueron atacadas y 54 de ellas perdieron todas sus pertenencias y retornaron al Japón.
Japón protestó formalmente por los daños causados a los inmigrantes afirmando que se debió a la actitud negligente de la policía peruana.
A escasos 11 días de los saqueos, un terremoto azotó Lima. Mientras duraba el sismo muchos salieron de sus casas y en medio de la calle pedían a Dios que la tierra dejara de moverse diciendo que ellos no habían participado en los saqueos, mientras que otros pedían perdón por el daño causado a los japoneses.